A Ciência Aberta (CA) abarca uma série de iniciativas e práticas que se caracterizam por serem mais abertas, transparentes, colaborativas e inclusivas, atreladas a um conhecimento científico mais acessível e verificável, buscando trazer mais eficiência para todo o processo, melhorando a qualidade, a reprodutibilidade, a confiabilidade e o impacto da ciência não só no campo científico, mas na sociedade em geral. Para a plena adoção de tais práticas, são necessários ajustes importantes nos processos de avaliação da ciência, nos sistemas de reconhecimento e recompensa. Este estudo teve como objetivo propor diretrizes e recomendações que visem alinhar o sistema de avaliação de uma instituição de pesquisa na área da saúde às tendências da CA visando à implementação efetiva de práticas de CA. É uma pesquisa de natureza exploratória/descritiva, utilizando procedimentos de revisão de literatura, pesquisa documental e questionário. Foi utilizada a estratégia de estudo de caso, tendo como campo empírico a Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz). Aborda a questão das avaliações centradas em dados quantitativos e métricas associadas e restritas a artigos de periódicos, apresentando movimentos e iniciativas que visam a transformação dos atuais processos. Para subsidiar a construção das diretrizes são analisados documentos político normativos da Fiocruz, de agências financiadoras, e respostas ao inquérito realizado junto ao grupo de pesquisadores da instituição. Como resultado, foi possível a construção de 13 diretrizes e 13 recomendações, além de um grupo de 15 atividades, que objetivam o alinhamento entre as políticas institucionais e suas práticas, através da inclusão de critérios de avaliação que reconheçam e recompensem práticas de CA.